品質への不信
日本の消費者には天然物志向が極めて強く、「養殖物は何を食べさせているかわからない」という観念が支配的である。また、抗生物質など投与物への不信も根強いものがある。例えば、大日本水産会が2003年度（平成15年度）に行なった「水産物を中心とした消費に関する調査（若年層対象調査）」でも、養殖魚は海水汚染の問題や魚病対策に使用される抗生物質・抗菌剤残留など、多くの消費者が不安を抱いていることがわかった。
養殖業者では餌の改良など食味の改良に取り組み、品質の向上に努めている。また、関係団体では消費者への広報活動等も行っている。なお、養殖業者では、「何を餌に食べているかわからない天然物より食べさせた餌のはっきりしている養殖物の方が安心」と主張している。
実際、マグロや鯨など食物連鎖の上位に位置する生物は、環境を汚染する物質を他の小魚などから取り込み、それが体内に凝縮される恐れがあり、水産庁や厚労省も妊婦などはこれらの天然物を食べないよう警告を出すことがある。
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