アイリス
カーネルの妹。心優しい性格だが、自らの命を差し出す覚悟の強さを持つ。
レプリフォースの反乱後、彼らとは別に自分の部隊を率いて中立に属し、敵味方を問わず戦いで傷つき倒れた者達を介抱していた。
兄のカーネルとは元々一体のレプリロイドとして造り出された為、互いを思う絆は強く、カーネルの負傷の影響が自らに及ぶ事もあった。兄亡き後、互いに共鳴し一体のレプリロイドとして暴走するがゼロにより鎮圧。思いを伝え解かり合ったゼロの腕の中で機能を停止する。
カーネル
レプリロイドだけの軍隊、レプリフォースの若き陸軍士官。X1以前のゼロと古くから親交があり、互いに認め合っていた戦友。
基本的に人格者で部下を身を呈して庇う好漢。高い戦闘力と統率力を備え、軍規を乱す者には制裁を加える軍人らしさも伺える。しかし歳若さからか、レプリフォースの姿勢かは定かではないが、（悪意的な策略からの誤解とはいえ）武器を放棄して投降するという選択肢を一寸の迷いも無く誇りの為に切り捨て、レプリフォース反乱の発端となった点では青さが目立つ。その一方、アイリスの説得に己の心の中で葛藤していた。
ゼロと道を違えた後は二度交戦するが、二戦目ではほぼ一方的に敗れ去る。
ジェネラル
レプリフォースの最高司令官。スカイラグーンの一件を機に独立を宣言する。
第7話にてキバトドスを処罰しており、ダブル曰く「部下の非礼に対する侘び」。また暴走したエックスに対して、全くひるむ姿勢を見せていなかった数少ないキャラクター。最終話ではダブルの裏切りで泣きながら倒す彼の心情を察している。
最後はデスフラワーを止めるべく、エックスに敬礼をして去った。
シグマとその部下
シグマ（Σ）
ケインの最高傑作であるレプリロイド。イレギュラーハンターとして活動していたが、レプリロイドのための世界を作るために反乱を起こし、自らイレギュラーと化す。
なお彼の特徴でもあるまぶたの模様は、自身に逆らって人間の味方をしたカイルを右手の指に搭載したマシンガンで射殺した後に、発射時に生じた熱を利用して自ら焼きつけたものである。人間で言うところの「刺青」に近いこの行動とそのときの彼の表情からは、人間に反旗を翻したイレギュラーとしての彼の狂気が非常に強く感じられる。顔に傷については、原作ゲームシリーズではイレギュラーハンターXではエックスが、X4ではゼロによって付けられている（ただしX4の場合、傷こそ付いたが勝った時はボロボロ状態である為、修理され消えている可能性もある）。また、顔の模様はX1では火傷として可也生々しく描かれていたが、X2以降は原作ゲーム同様にペイントの様に描かれている。
X1は一人称が「俺」と比較的若い印象だが、X2以降は一人称が「ワシ」「私」と実際のゲームに合わせてかキャライメージが高齢化した（他にも「余」「我」がある）。
復刊版によれば、作者が1番描きづらいキャラらしい（何度も登場するから）。
VAVA（ヴァヴァ）
エックスとゼロの前に立ちふさがるレプリロイドで、特A級のハンターだけあってその戦闘能力は高いが、電子頭脳回路に異常があるため残忍。
漫画版独自の設定では、ピアノを弾くことができるほどの芸達者である（X3）。また、「このグラスの中身がバーボンでも泥水でも…俺達には大差ない」のセリフは名言として語られている。なお、彼はシグマに完全に賛同している訳ではなく、ただエックスやゼロを破壊したいだけなのである。
「ロックマン」という伝説を破壊するため、継承者であるエックスを執拗に狙う。
X3ではΣの城で「鬼」と化したエックスと再び対決。徹底的に攻撃を加え続けるも次第に劣勢になり、エックスの「鬼」に恐怖し敗北する。因みに岩本は、X3で彼の話は楽しく描いたとの事。
ダブル
新入りのハンターだが、実際はシグマの部下。ドジな性格を装っているが、実際は残忍な性格。エックスはその事で怯み、ダブルの攻撃を喰らってしまう。その後、実際はシグマの考えた計画と言う事を喋り、一方的にエックスを攻撃するが彼の反撃に遭い、敗北する。
ゲーム版では最終ステージで合間見える本当の姿であるが、漫画では第5話にて登場している。ただしエックスは、この時ダブルであると知らない。
第7話ではキバトドスの本拠地にいたが、真相は不明。戦闘を一部始終観ていた。
カウンターハンター
バイオレン
武器は鉄球。「〇〇なんだなぁ」という独特な喋り方をする。最期は、アジールの剣をとっさに使ったエックスに敗れた。その事について本人は「反則」と言い残し、死亡。
サーゲス
3人の中では頭脳派であり、ゼロを復活させた。エックスの事を「奴の忘れ形見」と語るなど、ゼロの制作者を思わせる雰囲気を持つ。
アジール
武器はビームサーベル。丁寧な口調で喋る。ギガクラッシュの威力（実際は光の強さ）を侮り、盲目にされた上でエックスのチャージショットに敗れる。連載されていた当時（初登場した第2話）は口調が丁寧で無かったが、復刊版にて修正されている。
ドップラーとその部下
Dr．ドップラー
科学者型レプリロイドで、Dr.ケインの友人。表面上はどちらが優秀な科学者かで張り合っている（その様子にエックスとマックは子供の様だと呆れていた）ようにも見えるが、本心では信頼しあっている様子が見て取れる。シグマに洗脳され、エックスとゼロを葬ると共にシグマの究極のボディを作るべく暗躍する。最後には自我を取り戻したが、イレギュラーとなってDr.ケインを襲ってしまうことを恐れ、自らのメインプログラムを握り潰して自害する。
ヴァジュリーラFF
マンダレーラBB
ボスキャラクター
本項では、ゲーム版には表れない漫画版オリジナルの性格や演出を中心に記載していく。公式の設定等はゲーム版での各作品のボスキャラクター項を参照されたい。
ロックマンX1
深海の武装将軍 ランチャー・オクトパルド
元第6艦隊所属の、タコ型レプリロイド。触手それぞれに敵を感知し自動追尾するセンサーが搭載されているのが漫画版独自の設定である。一人称は「わし」（ただし、倒される直前には「オレ」と発言している）。卑劣な性格でマーティをバラバラに触手で締め上げて解体するも、センサーを狂わされた後怒りのエックスに倒された。
幽林の妖撃手 スティング・カメリーオ
カメレオン型レプリロイド。元は第9レンジャー部隊きっての実力者。
クラシック音楽に傾倒（鑑賞時のソフトはレコード、プレイヤーは手回し式の骨董品という拘りようだった）し、戦いをダンスパーティーに見立てる倒錯した嗜好の持ち主。名古屋弁と思しき喋り方が特徴。エックスを捕獲するようにとのメッセージを伝えてきたΣの使者を惨殺し、命令を握りつぶす。動物達を洗脳・武装させてエックスを襲わせるも、エックスの説得により、動物達は正気に戻る。最期はエックスバスターの強烈な光によって変色機能を麻痺させられ、バスターの直撃弾を受け玉砕。この漫画版では、外皮に鱗のようなアレンジが加えられている。
鋼鉄の甲弾闘士 アーマー・アルマージ
アルマジロ型レプリロイド。第8機甲部隊の元隊長。
礼を尊ぶ武人。カメリーオに不信感を抱いており、彼を倒したエックスに「カメリーオ討伐の手間を省いてくれた礼だ」としてのバスターを修理した上で果し合いを申し込む剛の者（この行為にΣは激怒し、ビームサーベルで彼の顔に一本傷を入れる）。Σの命令を無視して正々堂々とエックスに戦いを挑み、バスターのビームを反射する全身のシールドで彼を追いつめるが、体を丸めての体当たり攻撃（漫画ではこの攻撃に「ローリングシールド」の名前が付けられている）を確実な物とする為に、体内に高性能かつ精密なセンサーを搭載していた事が仇となり、エックスのエレクトリックスパークに敗北。自身の爆破（Σに対する忠誠の証として、ボディ内部に裏切りと同時に起動する爆弾が仕掛けてあった）からエックスを守る為、体内の起爆装置ごと日本刀を使って「切腹」した。最終的にヴァヴァの攻撃からエックスをかばって戦死する。身を挺して守り抜いた部下たちに至っては、先にヴァヴァによって皆殺しにされていた。最終回の最後の一コマにも、小さくではあるが、他のキャラクター達とともに（刀傷を負った顔で）描かれている。なお、X1でボス相手に特殊武器を使ったのは、彼とスパーク・マンドリラー、スティング・カメリーオとの戦いのみ。
灼熱のオイルタンク バーニン・ナウマンダー
ナウマン象型レプリロイド。元第4陸上部隊隊長として中東で戦っていた。
小型メカニロイドがレプリロイドのスクラップを吸収して生まれ変わった存在として描かれている。幾らボディを破壊されても、本体であるメカニロイドがダメージを受けない限り、何度でも再生可能。敗北後は自身の辛い過去を吐露。その境遇を哀れんだエックスに情けを掛けられ、贖罪を条件に工場地帯に留まる事となる。X1のボスでは唯一の生存者。
天空の貴公子 ストーム・イーグリード
鷲型レプリロイド。第7空挺部隊の隊長を務めていた。
元第17精鋭部隊所属でゼロと友人関係であったが、旅客機ハイジャック事件でゼロの身代わりに恋人が殉職してしまったことが原因で第7空挺部隊に転属し疎遠になっていた。プライドは高めだが、飛行能力に自信をなくしたオストリーグを励ましたり、エックスのためを思って敢えて外道を演じるなど仲間想い。エックスがヘッド強化パーツを受け取るのに相応しいかどうかテストする為に彼と勝負を挑み、敗北。最後は見事にヘッドパーツを受け取ったエックスに満足し、ゼロとのわだかまりも解消されて誇り高く散って逝った。
ブロース フィンガ チボウ ハロゲン アゴニスト リバタ シェル ハーフ あまおう スカム シャーク ステコミ ジャブ ブレー スリー フィッシュ ポプラ ロユリ ランブル さとち マリン マンディー プラク ヒール ルノー リスト ドオオ ヒット ダンス にしなり ブール マレー ビアン ハイタッチ デッキ エイド タグ最強 ホップ ラッチ サブリ ジェイリ タバスコ ワンダン ステーキ 恋人たち プレス オフィス レイシズ とまや バージャケ
豪速拳の雷王 スパーク・マンドリラー
マンドリル型の、第17部隊所属の特A級ハンター。忠誠心があっても勝利しなければ意味がないと考え、エックスに倒された部下を「クズ」と罵る、非情な戦士。しかしショットガンアイスで腕を凍らされ、エックスの秘められた強さに伝説の「ロックマン」の面影を見ながら、情けなく戦意喪失し、エックスに命乞いをした。最後はシグマ（の立体映像を伴う攻撃ビット）によって倒された。
時空の斬鉄鬼 ブーメル・クワンガー
クワガタ型レプリロイド。マンドリラーと同じく、第17部隊に所属していた。
自らの頭脳をタワー最上階の壁面全体に移植・増築していたため、レプリロイドの限界以上の速さで動けるという設定が設けられていた。最期は日本を消滅させるためにチャージしていたエネルギーを転用され、エックスの一撃によって最上階ごと灰燼に帰す。
後に弟、グラビティー・ビートブードの尽力によって奇跡の復活を遂げるが、今度はバグボールの性質を逆手に取ったエックスの奇策により大破した末にブラックホール化。外部エネルギーで強化されたエックスバスターで完全消滅した。常に丁寧な口調で話す。
因みに幻影などを含めると、全シリーズに登場している。
雪原の皇帝 アイシー・ペンギーゴ
ペンギン型レプリロイド。元第13極地部隊所属の特A級ハンター。
反乱を起こしエックスの親友マルスらを捕らえた。エックスを見下しており、ことあるごとに「B級(ハンター)」と嘲る自信家。エックスに追い詰められてマルスを盾にするが、マルスに動きを封じられてしまい、エックスにチャージショットで撃ち抜かれた。どちらかというと臆病で卑怯な小物臭い性格に描写されている。